从2017年7月1日以前，农产品的增值税税率为13%； 从2017年7月1日起，农产品的增值税税率调整为11%。经过深加工的农产品增值税税率17%。增值税是以商品（含应税劳务）在流转过程中产生的增值额作为计税依据而征收的一种流转税。
增值税发票税率有17%、11%、6%、3%、0%。纳税人兼营不同税率的项目，应当分别核算不同税率项目的销售额；未分别核算销售额的，从高适用税率。增值税专用发票只适用于一般纳税人。
增值税一般纳税人销售农产品的增值税适用税率有11%、13%和17%三种，小规模纳税人按3%的征收率征收增值税。从2017年7月1日以前，农产品的增值税税率为13%；从2017年7月1日起，农产品的增值税税率调整为11%。
1、成本法核定农产品进项税额 自2012年7月1日起，以购进农产品为原料生产销售液体乳及乳制品、酒及酒精、植物油的增值税一般纳税人，纳入农产品增值税进项税额核定扣除试点范围，其购进农产品无论是否用于生产上述产品，增值税进项税额都可以按照核定扣除试点实施办法抵扣，不再凭增值税抵扣凭证抵扣。
2、购进农产品的进项税额计算方法如下： 投入产出法：当期允许抵扣的农产品增值税进项税额=当期农产品耗用数量乘以农产品平均购买单价乘以扣除率/（1加扣除率）； 成本法：当期允许抵扣的农产品增值税进项税额=当期主营业务成本乘以农产品耗用率乘以扣除率/（1加扣除率）。
3、成本法公式：当期允许抵扣农产品增值税进项税额 =当期主营业务成本×农产品耗用率×扣除率/（1＋扣除率）上面两个公式里的扣除率，就是2017年6月30日之前的13%、2018年4月30日之前的11%和现在的10%。
4、农产品增值税进项税额的核定方法包括：投入产出法、成本法、参照法等。核定扣除的核心是以销售产品为核心核定进项税额——实耗扣税法。
5、农产品进项税额核定扣除适用的扣除率是销售的产成品的税率，可以是16%，也可以是10%。计算扣除适用于10 计算的方法不同：农产品进项税额核定扣除分为投入产出法、成本法、参照法。
6、食用植物油、酒及酒精生产企业的自产或购进上述货物销售。一旦成为试点企业，就不能再对收购农产品采用13%扣除率进行计算进项税，而应当按照投入产出法、成本法、参照法和销售货物对应税率计算进项税。本例因为销售上述货物的增值税税率是17%，所以计算进项税时采用的税率也就是17%。
如果有加计抵扣的，按下列方式计算，加计扣除农产品进项税额=当期生产领用农产品已按票面税率（扣除率）抵扣税额÷票面税率（扣除率）×1%。正常抵扣的金额计入到附表2对应栏次，加计抵扣的则填入附表二8a栏次。
取得的一般纳税人开具的增值税专用发票或海关专用缴款书，按照发票票面税额抵扣。取得的小规模纳税人开具的3%征收率的增值税专用发票，自年4月1日起，按照票面金额和9%的扣除率计算抵扣进项税。取得农产品收购发票或销售发票的，按照注明的买价和9%扣除率计算进项税额。
农产品增值税税率为9%。纳税人从农业生产者手中购进农产品，按销售发票和收购发票注明的买价和9%扣除率计算进项税；如果购进的农产品用于生产13%税率的货物的，在领用当期加计扣除1%的进项税，即相当于实际扣除率为10%。
一般农产品： 按照收购发票或销售发票标明的买价和13%的扣除率，计算进项税额，这部分可以从销项税额中直接减免。特殊农产品——烟叶： 烟叶收购的税率更为复杂，收购金额（收购价款×110%）加上征收的烟叶税，两者乘以13%，这部分也能抵扣。每一步都精心设计，旨在平衡市场公平与农业发展。
农产品由于销售方身份不同，税率是有差异的：①生产者：销售自产农产品：指农业生产者销售的自产农产品免征增值税。
可以通过增值税发票系统开具免税的增值税普通发票，不得开具增值税专用发票。销售方不得抵扣进项税额。购买该农产品的一般纳税人，可以凭该免税的普通发票，按照买价和扣除率计算抵扣进项税额。扣除率是11%。如果购买方销售该农产品加工后的产品适用税率是17%的，可以按照13%计算抵扣进项税额。
纳税人购进用于生产或者委托加工13%税率货物的农产品，按照10%的扣除率计算进项税额。法律依据：《中华人民共和国个人所得税法》 第一条 在中国境内有住所，或者无住所而一个纳税年度内在中国境内居住累计满一百八十三天的个人，为居民个人。
一是提供农产品的企业为增值税一般纳税人，则企业购进农产品进项税额计算扣除的方法为，销货方开具的增值税专用发票或海关进口增值税专用缴款书上，注明的增值税税额为可以抵扣的进项税额，也就是可以直接勾选认证抵扣。
投入产出法：当期允许抵扣的农产品增值税进项税额=当期农产品耗用数量乘以农产品平均购买单价乘以扣除率/（1加扣除率）； 成本法：当期允许抵扣的农产品增值税进项税额=当期主营业务成本乘以农产品耗用率乘以扣除率/（1加扣除率）。
农产品增值税进项税额可按照以下方法核定：投入产出法：参照国家标准、行业标准（包括行业公认标准和行业平均耗用值）确定销售单位数量货物耗用外购农产品的数量（以下称农产品单耗数量）。
